Ferrocarril General Belgrano SA fue estructurada dentro de la administración pública como una compañía ferroviaria, aunque no opera ningún tren de pasajeros ni de cargas. Está bajo el control del Ministerio de Planificación Federal y sus erogaciones son solventadas con fondos del Estado nacional.

Comenzó a funcionar a fines de los "90 como entidad residual encargada de controlar a la concesionaria del Belgrano Cargas, cuyo manejo fue entregado por el gobierno de Carlos Menem al gremio conducido por José Pedraza, la Unión Ferroviaria, en 1999.

En los tiempos del kirchnerismo empezaron a transferirle los pagos de sueldos del personal de las líneas que volvieron al Estado. Desde 2011 también quedó a cargo de los sueldos de los tercerizados que se desempeñaban en las contratistas de los concesionarios de los trenes metropolitanos. Hoy tiene menos de 300 agentes propios entre 16.000 empleados que se desempeñan en otras líneas. Su nómina salarial incluye a 4.000 trabajadores tercerizados. En 2011 había arrancado con un presupuesto de $1.280 millones. Este año los sueldos insumirán $ 2.128 millones (un 66% más).